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转口运输阶段（1979-1986年）
1979年台湾海峡两岸的贸易实现零的突破，随後几年有了较大发展，但由於两岸不能直接通航，贸易货物只能采取转口的运输方式，即贸易货物先运抵第三地卸货换船，再按第三地出口货运抵对岸。
“两岸三地”阶段（1987-1997年）
1987年台湾地区放宽有关限制，对两岸航运政策进行调整，除班轮仍然在第三地转口以外，运输两岸贸易货物的外籍商船，在第三地“弯靠”办理手续，不需在第三地再卸货换船，原船直接驶向对岸目的港，这就是所谓的“两岸三地”航线。1992年台湾地区同意放开对班轮的限制，班轮也不再需要进行转口，而以过境（弯靠）的方式直接行驶两岸。
“试点直航”阶段（1997-2001年）
1997年货船可以在大陆的福州、厦门两港与台湾地区的高雄港“境外航运中心”之间进行定点直航，也称“试点直航”。该航线所运送的货物，只限於大陆外贸进出口货物，不包括海峡两岸之间的贸易货物。“试点直航”是单向的，只能是厦门港和福州港的集装箱货物至高雄港中转至外国港口，高雄港的集装箱货物不能到厦门港或福州港中转。
“小三通”阶段（2001-2008年）
2001年1月“小三通”路线开通。经批准的货船可以在金门、马祖和澎湖与厦门间进行小规模的货运直航。
全面直航阶段（2008年至今）
2008年，随着《海峡两岸海运协议》正式签订，两岸资本并在两岸登记的船舶，经许可可以从事两岸间客货直接运输。这一协议的签订，标志着两岸的通航实现了真正意义的直航。目前，大陆有59个、台湾有12个港口已开通直航运输。